苹果矮化树与乔化树的优劣差异；
（1）组织结构的差异：
矮化砧苹果苗或短枝型品种，根系皮层发达，而木质部细小，导管少而细，皮层与木质部的比率（根皮率）明显增大。同时木质部组织射线和薄壁细胞等活组织的含量较高，韧皮部中的筛管小且少。矮化砧苹果树苗根系的根毛粗而短，吸收能力较低。这些组织构造上的差异，一方面影响了根系吸收的水分和无机盐类向地上部的供应，限制地上部的生长；另一方面影响地上部光合产物向根系输送，限制了根系生长和吸收功能，又反过来影响地上部的生长。
（2）光能利用率的差异：
矮化苹果树，特别是利用矮化砧的矮化苹果树苗，叶片较厚，栅栏组织发达，单位叶面积内的叶绿素较多，净二氧化碳吸收率高，光合作用较强，单位面积所具有的相同重量的叶片所积累的光合产物，明显高于乔砧苹果树，而呼吸和蒸腾强度低于乔砧树，因而有利于营养物质的积累，有利于花芽分化，并获得早产高产。
（3）树体营养分配上的差异：
矮化苹果树生长季内树体营养水平与晚秋的贮藏营养水平，显著高于乔砧稀植苹果树。矮砧苹果树的氨态氮、糖、淀粉、钾含量均高于稀植苹果树，所以有利于花芽的形成。
矮砧苹果树光合产物较少消耗于枝干营养生长。从树体内干物质分配情况来看，乔砧稀植果树果实和枝干中分配的干物质大体相等；而矮砧密植苹果树，果实中干物质量比枝干中干物质量多5倍以上。这说明矮砧密植苹果树光合作用形成的同化物质，大量输送于果实生长，消耗于枝干营养生长较少，所以矮化密植树生产效率比乔化稀植树高。
（4）生长抑制物质含量的差异：
嫁接在矮化砧木上的苹果苗品种，其脱落酸的含量较高，而赤霉素的含量较低，并且矮化砧中脱落酸的含量与矮化程度呈正相关，极矮化砧、矮化砧和半矮化砧苹果树脱落酸的含量分别为乔化砧的5倍、3倍和2倍。脱落酸是生长抑制物质，能抑制细胞分裂和伸长，从而抑制枝梢的生长和根的分根，使树体矮化。
（5）相关酶含量及活性的差异：
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